Yzquipulas era el nombre de la actual Ciudad de Esquipulas antes de que fuera conquistada en 1525 por Juan Pérez Dardón, Sancho de Barahona y Bartolomé Becerra, Capitanes españoles de aquellos tiempos, quienes fueron enviados por Pedro de Alvarado.

Pero en abril de 1530, los esquipultecos se levantaron contra la autoridad del Rey. Entonces Francisco de Orduña, gobernador interino, envió a los Capitanes Predro de Amalín y Hernando de Chávez, a reconquistar Yzquipulas. Luego de tres días de combates sangrientos, el cacique de Yzquipulas se rindió.

Entre 1560 y 1570, la Villa de Esquipulas fue fundada por los españoles y poblada por los toltecas, que luego darían origen a los indígenas Chortí.

El 9 de marzo de 1595 llegó a Esquipulas la imagen del Santo Crucifijo. Fue recibida con mucha alegría y gozo por los esquipultecos, ellos la colocaron en una pequeña ermita a donde empezaron a llegar en gran número los devotos del Señor. Pero fue tanta la gente que llegaba a venerar al Santo Crucifijo que la pequeña ermita ya no podía albergar a todos. Entonces entre los años 1600 y 1620, se mandó a construir la Iglesia Santiago, lugar a donde fue trasladado el Santo Cristo para poder albergar a más devotos.

Pero luego de varios años, la situación se repitió, en la Iglesia Parroquial ya no había espacio para albergar a más peregrinos, así que Fray Pedro Pardo de Figueroa mandó a construir el nuevo Templo de Esquipulas, que fue terminado para el mes de Enero de 1759, lugar donde sería la nueva casa del Santo Cristo de Esquipulas.

Pero el recorrido de un templo a otro era interrumpido por dos pequeños ríos, por lo que se tuvo la necesidad de construir dos puentes, uno para el primer tramo, el Puente Chiquito y otro para el segundo tramo siendo este El Puente Grande.